Resultater
Undersøgelsen viste, at rotavirus A er et vigtigt smitstof, som formentlig er årsag til spædgrisediarré i en del besætninger. Over halvdelen af de undersøgte besætninger var helt negative for rotavirus, så - i modsætning til hvad mange nok forventede – er dette virus ikke konstant til stede i pattegrise og påvisning har formentlig ofte betydning.
De klassiske E. coli bakterier (med virulensfaktorerne F4, F5, F6, LT, STa, STb), som man i de fleste besætninger vaccinerer imod, fandt vi meget få af i undersøgelsen. Vi brugte PCR (Polymerase Chain Reaction) frem for traditionel serotypning til påvisning af potentielt sygdomsfremkaldende E. coli bakterier. Det viste sig, at to faktorer; EAST-1 (Enteroaggregative Escherichia coli heat-stable enterotoxin-1) og AIDA-1 (Adhesin involved in diffuse adherence-1) var meget hyppige. STb (Heat-stable toxin b) og fimbrietype F41 blev også påvist i et vist omfang. De to toxiner STb og EAST-1 sås hyppigere hos grise med diarré end hos raske kontrolgrise.
Undersøgelsen fandt ingen forbindelse mellem forekomst af diarré og forekomst af bakterierne Enterococcus hirae og Clostridium difficile samt Clostridium perfringens type A med beta2 gener. Alle grise var negative for Clostridium perfringens type C (tarmbrand).
Når vi sammenlignede obduktionsfund hos diarrégrise fra problembesætninger (case-besætninger) med diarrégrise fra besætninger uden væsentlige diarréproblemer (kontrolbesætninger), var der flere sultgrise (= grise med tom mave og tom tyndtarm) og grise med slappe tyktarme i case-besætningerne. I forhold til smitstoffer var rotavirus lidt mere udbredt i case-besætningerne, men der kunne generelt ikke påvises specielle smitstoffer i case-besætningerne, som ikke også kunne påvises i kontrolbesætningerne.
Materialer og metoder
I alt 60 besætninger (38 case- og 22 kontrolbesætninger) medvirkede i undersøgelsen. Hver besætning indsendte fire aflivede grise med diarré og to aflivede raske grise i alderen 1-5 dage. Grisene blev obduceret efter et fastlagt skema på Laboratorium for Svinesygdomme i Kjellerup.
Tarmindholdet blev undersøgt for E. coli, Enterococcus hirae, rotavirus A, Clostridium difficile og Clostridium perfringens. De fire sidstnævnte smitstoffer blev undersøgt enkeltvis på samtlige grise (230 diarrrégrise og 125 raske grise), hvorimod E. coli undersøgelserne i første omgang blev udført på besætningsniveau.
E. coli kolonier dyrket fra tarmindhold af individuelle grise blev samlet i besætningspools og undersøgt ved PCR. PCR-undersøgelserne blev lavet trinvist. Først blev alle pools testet for evnen til (det vil sige gener for) at producere toxinerne LT (Heat-labile enterotoxin), STa (Heat-stable toxin), STb (Heat-stable toxin b) og EAST-1 (Enteroaggregative Escherichia coli heat-stable enterotoxin-1). Pools, der var positive for mindst et toxin, blev derefter testet for evnen til at sidde fast på tarmvæggen (= adhæsions gener: Fimbrie-generne F4, F5, F6, F18 og F41 samt AIDA-1 (Adhesin involved in diffuse adherence-1)). Ud fra de poolede resultater blev det til slut udvalgt, hvilke faktorer der var relevante at undersøge på enkeltdyrsniveau. Følgende faktorer blev undersøgt på enkeltdyrsniveau: EAST-1 og STb (testet på 89 enkeltdyr fra besætninger, hvor der var påvist både toxin- og adhæsionsgener i én pool fra en besætning) samt AIDA-1 og F41 (testet på 30 enkeltdyr, som var toxinpositive).
Forekomst af Enterococcus hirae blev undersøgt ved dyrkning af tarmindhold og efterfølgende identifikation ved MALDI-TOF (Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry). Rotavirus A, Clostridium difficile og Clostridium perfringens blev påvist ved PCR (for alfa-, beta- og beta2gener) på tarmindhold.
Alle PCR-undersøgelser samt dyrkning og MALDI-TOF-undersøgelser for Enterococcus hirae blev foretaget på DTU Veterinærinstituttet.